En general los murciélagos tienen pocos depredadores naturales, que se limitan a algunas aves rapaces, mamíferos carnívoros,serpientes y lagartos de gran tamaño.
Sobre todo en los trópicos, las boas y las culebras atacan a los zorros voladores que cuelgan de las ramas; estas serpientes suben a los árboles y los capturan por sorpresa mientras descansan, sobre todo a las crías. Cuando los ataques de estos reptiles son reiterados, pueden causar un gran impacto en algunas poblaciones al dejarlas sin jóvenes. En cambio las serpientes que cazan en las cuevas no parecen tener a los murciélagos entre sus presas habituales, y solo las atacan esporádicamente. Algunos lagartos tropicales de gran tamaño también comen murciélagos.77 78
El milano murcielaguero es un ave de presa que caza murciélagos, atacándolos cuando salen durante el crepúsculo. El cernícalo común, el alcotán europeo y el halcón peregrino también los cazan, pero el mayor peligro aviar para los quirópteros son las rapaces nocturnas, como las lechuzas y los búhos, que esperan en el exterior de las cuevas a que llegue el anochecer para atrapar a los murciélagos que salen. Los búhos les cortan las alas antes de comérselos. Algunas aves han aprendido a adaptarse a las costumbres de los murciélagos, atacándolos cuando están buscando insectos. Sin embargo, en la gran mayoría de casos sólo representan el 0,1-0,2% de las presas de las aves rapaces.77
Algunos carnívoros oportunistas, como el mapache boreal, las mofetas, el gato montés y los mustélidos cazan murciélagos activamente, mientras que el tejón europeo y el zorrosólo se comen crías que se caen del techo de una caverna o que han optado por perchas a una altura demasiado baja; sin embargo, los quirópteros son presas poco habituales para estos animales. También algunos roedores, como el ratón de campo, se alimentan ocasionalmente de murciélagos, así como otros animales como las arañasmigalomorfas, algunos peces carnívoros y algunos grandes anfibios como la rana toro.79
Sin embargo las especies introducidas por los humanos sí que pueden diezmar sus poblaciones. Así, a causa de la introducción de la serpiente arborícola parda (Boiga irregularis) en Guam, entre 1984 y 1988, todas las crías de algunas especies de murciélago fueron devoradas antes de llegar a adultos; una situación similar se produjo con la introducción de la serpiente lobo de la India (Lycodon aulicus capucinus) en la Isla de Navidad.80 81 El gato, otra especie introducida, es uno de los predadores más peligrosos para los murciélagos; algunos gatos se vuelven salvajes y se especializan en la caza de murciélagos, pudiendo exterminar una colonia fácilmente accesible y no muy grande en cuestión de días. Algunos murciélagos, para defenderse, luchan o se hacen los muertos.
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