Las poblaciones de murciélagos están descendiendo con rapidez en todo el mundo, y varias especies se han extinguido recientemente.[82] De las 1150 especies que se relacionan en la Lista Roja de la UICN algo más de la mitad figuran como especie bajo preocupación menor y de unas doscientas no se dispone de datos para su clasificación, pero setenta y siete figuran como especie casi amenazada, noventa y nueve como vulnerables, cincuenta y tres se encuentran en peligro de extinción, veinticinco en peligro crítico y cinco figuran como ya extintas (Desmodus draculae y cuatro miembros del género Pteropus: P. brunneus, P. pilosus, P. subniger y P. tokudae).[83]
El síndrome de la nariz blanca ha provocado la muerte de más de un millón de murciélagos en el noreste de Estados Unidos en menos de cuatro años.[84] La enfermedad recibe ese nombre a causa de un hongo blanco que se encontró desarrollándose en el hocico, oído y alas de algunos murciélagos, pero no se sabe si el hongo es la causa primaria de la enfermedad o es simplemente una infección oportunista.[85] [86] Se ha observado una tasa de mortalidad del 90-100% en algunas cuevas.[86] Al menos seis especies hibernantes se han visto afectadas, incluida Myotis sodalis, que se encuentra en peligro de extinción. Debido a que las especies afectadas tienen una esperanza de vida larga y un índice de natalidad bajo (aproximadamente un descendiente por año), se cree que las poblaciones tardarán en recuperarse.[87]
Entre las amenazas de origen antropogénico se encuentran los aerogeneradores, un medio de producción de energía limpia y renovable, pero que causan un elevado índice de mortalidad entre los murciélagos;[88] [89] teniendo en cuenta que a menudo no se aprecian señales de traumas externos, se supone que su alta mortalidad en las cercanías de estos dispositivos se debe a una mayor sensibilidad de sus pulmones frente a las repentinas fluctuaciones de presión del aire y que, a diferencia de los de las aves, los hace más propensos a romperse.[90] Por otra parte, en la oscuridad confunden los aerogeneradores con árboles y son heridos o muertos por sus aspas, o quedan atrapados en los vórtices de aire generados por la rotación de las mismas.[91] Aunque diversos estudios indican que algunas especies se han adaptado a una alimentación en espacios abiertos de insectos atraídos por las lámparas de vapor de mercurio, trabajos recientes muestran que la contaminación lumínica tiene un fuerte impacto negativo en especies como el murciélago pequeño de herradura (Rhinolophus hipposideros) y otros murciélagos nocturnos de vuelo lento, pues les impide una selección de rutas adecuadas de vuelo hacia sus zonas alimenticias y que afectan de forma drástica al crecimiento de los jóvenes, y el volar en zonas iluminadas les hace más vulnerables ante sus depredadores.[92] A todo lo anterior hay que añadir las muertes por atropellos de coches, camiones o trenes, una mortalidad todavía no cuantificada pero que probablemente es elevada.[93]
Durante siglos, en África, sudeste de Asia e islas de los océanos Índico y Pacífico, se han cazado en pequeñas cantidades los grandes zorros voladores frugívoros por su carne; sin embargo con el incremento de las armas de fuego y las facilidades para acceder a sus hábitats se ha sobreexplotado este recurso y muchas especies están en peligro de extinción, lo que, debido a su importancia en la polinización y dispersión de semillas, tiene una importante repercusión en las cosechas y un gran impacto en el desarrollo del bosque tropical y la sabana. Los murciélagos cavernícolas son particularmente vulnerables, pues a menudo las cuevas solo disponen de una reducida entrada a través de la cual deben pasar todos los animales y si los cazadores se apostan a su entrada pueden matar fácilmente gran cantidad de ejemplares; a ello se une el problema de las capturas accesorias (captura de especies distintas a la que se pretende cazar), como en el caso del pequeño murciélago insectívoro Tadarida plicata de Tailandia, que forma colonias de más de un millón de individuos en algunas cuevas y donde los habitantes locales han recolectado su guano durante doscientos años, pero que convive con murciélagos frugívoros a los que ahora los cazadores capturan para comercializar su carne montando redes en las entradas de las cuevas, y que al mismo tiempo capturan a T. plicata, a los que matan en grandes cantidades y que después desechan, con lo que, además de disminuir la población de ambas especies, se ha visto afectada la producción de guano que aprovechaban los campesinos locales.[82]
En las regiones templadas, las causas principales del descenso en las poblaciones de murciélagos son la pérdida de hábitat y las matanzas, deliberadas o accidentales. La recolección del guano de los murciélagos es un problema para estos animales, pues perturba sus lugares de reposo, y cuando son molestados regularmente durante su hibernación mueren de hambre y muchos lugares de descanso, como cuevas y árboles huecos, han sido obstruidos o derribados. La proliferación y el uso intensivo de insecticidas representan una amenaza para los murciélagos insectívoros. Además de una gran reducción en el tamaño de las poblaciones de insectos, que son su alimento, los plaguicidas pueden causar el envenenamiento indirecto de los murciélagos cuando comen presas intoxicadas. En el mundo desarrollado ya no se utilizan tanto los insecticidas, pero en los países en desarrollo todavía tienen un uso muy extendido, y la falta de regulación implica que a menudo se utilizan insecticidas muy tóxicos.[94] [93] [82]
Algunas especies son perseguidas porque se alimentan de los cultivos agrícolas, o bien porque son vectores de enfermedades, y los Ministerios de Agricultura de algunos países consideran a algunos murciélagos como plagas y recomiendan su exterminio o la reducción de su número. Sin embargo, organizaciones como Bat Conservation International, un organismo que se dedica a reunir datos sobre la situación, la distribución y las amenazas que les acechan, organiza programas educativos y fomenta las investigaciones y la conservación. También los mitos, las supersticiones y los recelos hacia estos animales a menudo han impedido el desarrollo de programas de protección. Sin embargo actualmente se han firmado acuerdos internacionales para su conservación y los murciélagos se hallan protegidos por las leyes de la mayoría de los países europeos y de muchos otros, y se están designando lugares de descanso y hábitats alimentarios para potenciar su conservación.[93] [95] [82] [96]
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